พล.อ. ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีได้สั่งการให้กระทรวงคมนาคมพิจารณาเกี่ยวกับการลดความเร็วของรถไฟความเร็วสูง เส้นทาง กรุงเทพฯ-เชียงใหม่ ซึ่งมีค่าใช้จ่ายประมาณ 420,000 ล้านบาท โดยทางรัฐบาลไทยมองว่าค่าใช้จ่ายนี้สูงเกินไป ซึ่งโดยส่วนมากค่าใช้จ่ายคือในด้านของการทำรางใหม่ 670 กม. ทางรัฐบาลไทยอยากจะลดต้นทุนของโครงการนี้
ด้านญี่ปุ่นได้แปลกใจอยู่ไม่น้อยในการทำงานของฝั่งไทย ที่ใช้เวลาถึง 3 ปี และญี่ปุ่นก็มองว่าการที่ลดความเร็วรถไฟนั้นจะทำให้โอกาสในการแข่งขันกับเครื่องบินนั้นมีโอกาสน้อย เพราะหากต้องใช้เวลาเดินทางมากกว่า 3 ชั่วโมง ผู้โดยสารก็อาจยังจะเลือกเดินทางโดยเครื่องบินมากกว่า และอีกอย่างคือ ถ้าลดความเร็วแล้วนั้น ญี่ปุ่นก็มองว่าโครงการนี้จะไม่ใช่สุดยอดเทคโนโลยีและผิดความมุ่งหมายของฝ่ายญี่ปุ่นที่จะสร้างสุดยอดเทคโนโลยี
ด้านรัฐบาลไทยได้ประเมิณค่าโดยสารไว้ที่ 1,200 บาท นอกจากข้อเสนอการลดความเร็วแล้ว รัฐบาลยังเสนอให้ฝ่ายญี่ปุ่นร่วมลงทุนในโครงการนี้เพื่อเป็นหลักประกันในระยะยาวและลดความเสี่ยงในด้านการบริหารซึ่งไทยไม่เคยมีประสบการณ์ในด้านรถไฟความเร็วสูง เพื่อประกันด้วยว่าเทคโนโลยีชินคังเซนจะถูกใช้ตลอดไป
